Con la excepción de pequeños detalles, la segunda temporada del Nacional B fue muy parecida a la primera, en lo que respecta al modo de disputa y organización. El Club Deportivo Mandiyú de Corrientes fue el merecido campeón de la temporada 87/88, obteniendo así el ascenso directo a la máxima categoría del fútbol argentino.
Al igual que en la temporada anterior, en la que Armenio y Banfield lograron el ascenso, el campeonato se disputó entre 22 equipos, en 42 fechas que permitieron choques de ida y vuelta entre todos los participantes.
La primera rueda del campeonato fue bastante reñida. Equipos como Tigre, Mandiyú, Huracán y Belgrano de Córdoba se fueron prestando la punta de la tabla de posiciones constantemente, sin que ninguno lograra consolidarse en ella. Al finalizar la primera rueda el líder era Cipolletti, un punto por encima de Mandiyú y dos puntos por encima del Pirata cordobés.
Ya en la segunda parte del certamen, el equipo correntino se consolidó de tal manera que una vez que se adueñó de la punta, nunca lo pudieron alcanzar. De los 21 partidos que disputó en este tramo, ganó 10, empató otros 10 y perdió solamente 1 (2 a 0 ante Huracán, en condición de local). De esta manera, a pesar de no poder igualar la racha de 34 partidos sin perder que había logrado el Deportivo Armenio el año anterior, la regularidad obtenida por los correntinos en la parte final del campeonato les permitió consolidarse y afianzarse en la vanguardia del torneo, a tal punto que terminarían consagrándose con una fecha de anticipación al igualar en cero con Quilmes, el inmediato perseguidor. Finalmente los dirigidos por Juan Manuel Guerra ascendieron a Primera División luego de 42 partidos disputados, 20 ganados, 18 empatados y 4 perdidos, con 54 goles a favor (el delantero uruguayo Daniel Oddine fue el goleador del equipo con 18 tantos) y 24 en contra.
El segundo ascenso se definió luego de un torneo reducido en el cual participaron doce equipos (los ubicados del segundo hasta el décimo puesto inclusive, el ganador del campeonato de Primera B y dos ganadores de torneos zonales): Huracán, Quilmes, Belgrano, Chaco For Ever, Atlético Tucumán, Douglas Haig, Cipolletti, Tigre, Colón, Talleres, San Martín de Tucumán y Estación Quequén de Necochea, respectivamente. San Martín de Tucumán y Chaco For Ever fueron los finalistas, siendo el equipo tucumano el vencedor. Paradójicamente, el santo tucumano ascendió a Primera División sin haber participado en el campeonato del Nacional B.
Por otra parte, en consecuencia a tener los menores promedios, debieron descender Guaraní Antonio Franco, Ferro de General Pico y Gimnasia y Esgrima de Jujuy (el Lobo Jujeño desempeñó una paupérrima campaña, puesto que tan sólo ganó 4 partidos sobre 42).